自2019年起实施的新个人所得税法已历经多次年度汇算清缴,高校作为扣缴义务人,在个税汇算中面临着更正申报流程复杂、税务投诉处理压力大、疑点数据排查效率低、教职工咨询需求激增及辅助汇算负担重等问题。文章基于高校个税征管实践,从制度执行与组织管理层面分析成因,提出优化对策:强化税校协同机制,优化校内跨部门协作;构建“线上+线下”政策宣传体系,提升教职工税法遵从度;加强办税队伍专业化建设,提高服务效能。进一步提出建议:开放纳税人自主更正申报功能,简化流程;明确代扣代缴手续费使用规则,保障工作经费。研究为高校提升个税管理效能提供了解决方案,对完善分类综合税制下的高校税务治理具有一定参考价值。